Bioinformatik und Systembiologie
Zertifikatskurs
Das erwartet Sie im Kurs:
- tiefergehende Einführung in die Next-Generation Sequenzierung (NGS)
- grundlegende Schritte für die Durchführung einer Sequenzierung als auch die wichtigsten Schritte bei der Datenanalyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten
- Schwerpunkt des Kurses liegt auf dem Umgang und der Analyse solcher Daten
- Einführung in die Statistikprogramme R und RStudio
- Einführung in verschiedene Datenbanken zur Interpretation und funktionellen Einordnung der Sequenzierungsanalysen
- abschließende Projektarbeit der Kursteilnehmerinnen und Kursteilnehmer zur wissenschaftliche Auswertung eines RNA-Seq Datensatzes
Der Abschluss dieses Kurses ist Voraussetzung für die Teilnahme am Kurs "Angewandte Molekulardiagnostik und Systemmedizin" im 3. Fachsemester.
Nach der Kursteilnahme...
- kennen sie die Statistikprogramme R und RStudio;
- haben sie erste Erfahrungen in der Programmiersprache R gesammelt;
- haben sie gelernt eigenen R-Code zur Auswertung und Visualisierung von Hochdurchsatzdaten zu schreiben;
- kennen sie die nötigen Schritte der NGS Methodik;
- kennen sie die Grundlagen zur Analyse von Sequenzierungsdaten;
- kennen Sie wichtige Datenbanken für die funktionelle Analyse von Sequenzierungsdaten;
- haben sie anhand eines realen Datensatzes eine RNA-Sequenzierung ansprechend ausgewertet.
Empfohlene Vorkenntnisse (nicht zwingend erforderlich)
Grundlegende Kenntnisse zu XML & Datenbanken sowie Programmierkenntnisse (Java, R, MATLAB) sind von Vorteil.
Der Erwerb des Lernstoffes erfolgt im Selbststudium mit Hilfe der bereitgestellten digitalen Lernmaterialien und der Bearbeitung anwendungsorientierter Lernaufgaben. Zur Diskussion, Vertiefung und Reflektion der Lerninhalte und -prozesse finden wöchentliche Video-Konferenzen statt. Die modulbegleitende Kommunikation und Interaktion erfolgt asynchron in Webforen. Zur eigenen Lernerfolgskontrolle werden wöchentliche Self-Assessments bereitgestellt. Dieser Kurs wird tutoriell betreut.
Hinweise zum Anmeldeverfahren, das Anmeldeformular und eine Übersicht der Kosten finden Sie hier.
Dozentin
Prof. Dr. Dr. Melanie Börries
Lehrstuhl für Medizinische Bioinformatik und Institutsdirektorin am Institut für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin an der Medizinischen Fakultät und dem Universitätsklinikum Freiburg, Universität Freiburg
Dozent
Dr. Patrick Metzger
Teamleiter Bioinformatik für das Molekulare Tumorboard am Universitätsklinikum Freiburg, Universität Freiburg
Dozent
Gaetan Kamdje Wabo, M.Sc.
UMM Universitätsmedizin Mannheim, Biomedizinische Informatik (DBMI)
Medical Data Warehouse Analyst / Data Scientist
| Modulgruppe | Biomedical Data Science |
| Modultyp | Pflichtmodul |
| Studienabschnitt | 2. Fachsemester |
| Kursdauer | 6 Wochen |
| Online-Meetings | dienstags, 20 Uhr |
| Kursformat | Online |
| Prüfungsleistung | Projektarbeit |
| Studienleistungen | Selbststudium Lernaufgaben Self-Assessments Online-Treffen |
| Kreditpunkte | 5 ECTS |
| Kosten | 1080,- Euro |