Zertifikatskurs: Bioinformatik und Systembiologie

Die Kursteilnehmerinnen und Kursteilnehmer erhalten eine tiefergehende Einführung in COMBINE Standards für systembiologische Modelle, Visualisierungen, Annotationen und Experimente & FAIR Modellprinzipien . Verfügbare online-Ressourcen für reproduzierbare Simulationsstudien werden vorgestellt und eigenständig erprobt. Hierbei werden die Teilnehmerinnen und Teilnehmer unterstützt. Bei der Einführung in Sequenzierungsdaten liegt der Schwerpunkt insbesondere auf dem Umgang und der Anlayse solcher Daten. Des Weiteren erfolgt eine tiefergende Auseinandersetzung mit Datenbanken zur Nutzung von Sequenzierungsanalysen. In einer Projektarbeit erstellen die Kursteilnehmerinnen und Kursteilnehmer eine reproduzierbare, nachvollziehbare Simulationsstudie.

Der Erwerb des Lernstoffes erfolgt im Selbststudium mit Hilfe der bereitgestellten digitalen Lernmaterialien und der Bearbeitung anwendungsorientierter Lernaufgaben. Zur Diskussion, Vertiefung und Reflektion der Lerninhalte und -prozesse finden wöchentliche Video-Konferenzen statt. Die modulbegleitende Kommunikation und Interaktion erfolgt asynchron in Webforen. Zur eigenen Lernerfolgskontrolle werden wöchentliche Self-Assessments bereitgestellt. Dieser Kurs wird tutoriell betreut.

Nach der Kursteilnahme...

  • kennen Sie die wichtigsten Standards zur Repräsentation systembiologischer Modelle;
  • können Sie für einfache Beispiele das Erstellen und Publizieren einer FAIRen, standardisierten und reproduzierbaren Simulationsstudie skizzieren;
  • wissen Sie, wie sie Modelle auf die Reproduzierbarkeit der in den Papern beschriebenen Ergebnisse testen, und kennen die jeweiligen Mindestanforderungen;
  • können Sie Modelle für Reaktionsnetzwerke basierend auf Ratengleichungen definieren;
  • können Sie die Modellgleichungen und deren Parameter interpretieren;
  • kennen Sie Konzepte der numerischen Optimierung und Unsicherheitsanalysen;
  • können Sie mit etablierten Softwaretools Modelle an Daten fitten und Unsicherheitsanalysen durchführen;
  • können Sie ein einfaches Simulationsmodell in eine standardisierte graphische Notation überführen (SBGN);
  • kennen sie die Grundlagen zur Analyse von Sequenzierungsdaten;
  • kennen Sie wichtige Datenbanken für die funktionelle Analyse von Sequenzierungsdaten.

 

Dozentin
Prof. Dr. Dr. Melanie Börries

Lehrstuhl für Medizinische Bioinformatik und Institutsdirektorin am Institut für Medizinische Bioinformatik und Systemmedizin an der Medizinischen Fakultät und dem Universitätsklinikum Freiburg, Universität Freiburg

Dozentin
Prof. Dr.-Ing. Dagmar Waltemath

Professur für Medizininformatik
Institut für Community Medicine
Universitätsmedizin Greifswald

ModulgruppeBiomedical Data Science
ModultypPflichtmodul
Studienabschnitt2. Fachsemester
Kursdauer6 Wochen
Online-Meetingswerden noch
bekannt gegeben
KursformatOnline
PrüfungsleistungProjektarbeit
StudienleistungenSelbststudium
Lernaufgaben
Self-Assessments
Online-Treffen
Kreditpunkte5 ECTS
Kosten1080,- Euro
nächster KursterminKalender